これはIE6限定のトラブルですね。恐らくサンプルのHTMLとCSSを使っていただいていると思うのですが、それの中のmfp_background.png？だったかな？忘れましたが背景にひいているpng画像をおそらくいじられたことが原因です。IE6は透過pngの上はクリックできなくなるのです！すごい仕様ですよね。なので背景が白であればpngに白のベタを塗れば解決しますよっ！