すばやいリプライに驚いております。CGIのアップロードは、ASCIIモードでアップしています。perlのパスを/usr/bin/perl から /usr/local/bin/perl にしてもダメでした。「.htaccess」ファイルは使っていません。ホームページビルダーなどで誤ってアップロードして上書きしたとは考えにくい状況です。サーバ会社側の仕様変更を疑ってみます。サポートありがとうございました。